臨床分離細菌に対して，染色と培養による同定と培養による薬剤感受性検査が行われてきた．近年，同定・感受性検査に，遺伝子解析および質量解析が導入された．細菌ゲノム配列に基づく同定法として16S rRNA領域の塩基配列が，分子疫学目的にはパルスフィールド電気泳動，MLST，POT法，VNTRなどが利用されている．抗菌薬耐性遺伝子は，耐性遺伝子の伝達によるものと抗菌薬の標的部位の変異によるものが代表的であり，遺伝子検査の対象となっている．これらの同定および抗菌薬耐性遺伝子検出のための自動分析機が臨床上重要な細菌に対して保険収載された．細菌の遺伝子検査で解決すべき重要課題に，耐性遺伝子保有株であっても表現型では感受性の株の検出とその機構解析があげられる．この目的で耐性遺伝子の検出を行うべき菌株を表現型で選別するための基準の設定と，耐性遺伝子の発現制御領域および耐性遺伝子発現の定量解析が必要となる．