はじめに
竹田 潔
大阪大学免疫学フロンティア研究センター
消化管に生息する腸内細菌（腸内フローラ）は長年その実態が不明であったが，次世代シークエンサーの開発や培養技術などの革新により明らかになってきた．腸内には，数にして10兆個を超え，種類にして1,000種を超える細菌が共生している．腸内細菌（腸内フローラ）は，体内に侵入する異物を非自己として認識し排除する免疫系にとっては，非自己そのものであるが，免疫によって認識・排除されることはなく，われわれと共生している．そして，これらの腸内細菌（腸内フローラ）がわれわれ宿主に作用し，健康維持に極めて重要な役割を担っていることが明らかになってきている．特定の腸内細菌が，腸管上皮細胞や腸管粘膜固有層に存在する免疫細胞，さらには遠隔組織の機能をも制御することが明らかになってきている．そして，その作用機構として，特定の腸内細菌の遺伝子の機能あるいは腸内細菌の産生する代謝物の重要性も明らかになってきている．さらには，共生する腸内細菌（腸内フローラ）のバランスが異常になることが，さまざまな疾患の発症や病態と深く関わることが明らかになってきた．腸内細菌（腸内フローラ）の急速な理解は，細菌学，免疫学，情報科学，代謝学，臨床医学など，さまざまな研究分野の先端研究者がそれぞれの専門知識・技術を駆使して協同し解析が行われることで進められてきている．
本特集では，腸内細菌（腸内フローラ）に関する上述のさまざまな基礎研究分野でご活躍されている先生方に最先端の研究内容をご紹介いただくとともに，腸内細菌（腸内フローラ）が関わる疾患の研究および臨床に携わる臨床医学分野の先生方に治療応用へのアプローチ法をご紹介いただいている．本特集を読んでいただくことにより，現在の腸内細菌（腸内フローラ）研究の最先端，医療応用の最前線をご理解いただけるものと思っている．
竹田 潔
大阪大学免疫学フロンティア研究センター
消化管に生息する腸内細菌（腸内フローラ）は長年その実態が不明であったが，次世代シークエンサーの開発や培養技術などの革新により明らかになってきた．腸内には，数にして10兆個を超え，種類にして1,000種を超える細菌が共生している．腸内細菌（腸内フローラ）は，体内に侵入する異物を非自己として認識し排除する免疫系にとっては，非自己そのものであるが，免疫によって認識・排除されることはなく，われわれと共生している．そして，これらの腸内細菌（腸内フローラ）がわれわれ宿主に作用し，健康維持に極めて重要な役割を担っていることが明らかになってきている．特定の腸内細菌が，腸管上皮細胞や腸管粘膜固有層に存在する免疫細胞，さらには遠隔組織の機能をも制御することが明らかになってきている．そして，その作用機構として，特定の腸内細菌の遺伝子の機能あるいは腸内細菌の産生する代謝物の重要性も明らかになってきている．さらには，共生する腸内細菌（腸内フローラ）のバランスが異常になることが，さまざまな疾患の発症や病態と深く関わることが明らかになってきた．腸内細菌（腸内フローラ）の急速な理解は，細菌学，免疫学，情報科学，代謝学，臨床医学など，さまざまな研究分野の先端研究者がそれぞれの専門知識・技術を駆使して協同し解析が行われることで進められてきている．
本特集では，腸内細菌（腸内フローラ）に関する上述のさまざまな基礎研究分野でご活躍されている先生方に最先端の研究内容をご紹介いただくとともに，腸内細菌（腸内フローラ）が関わる疾患の研究および臨床に携わる臨床医学分野の先生方に治療応用へのアプローチ法をご紹介いただいている．本特集を読んでいただくことにより，現在の腸内細菌（腸内フローラ）研究の最先端，医療応用の最前線をご理解いただけるものと思っている．
はじめに（竹田 潔）
基礎研究の進展
1．口腸臓器連関から紐解く炎症性腸疾患─口腔細菌の腸管定着戦略（北本 祥・鎌田信彦）
KeyWords 臓器連関，炎症性腸疾患（IBD），歯周炎，口腔細菌，異所粘膜定着戦略
2．腸脳相関における腸内細菌の役割（寺谷俊昭）
KeyWords 腸脳相関，迷走神経，腸内細菌
3．腸肝軸を介した腸内細菌関連因子が関わる肝臓のホメオスタシスと病態（大谷直子）
KeyWords 腸肝軸，腸内細菌代謝物，組織微小環境
4．短鎖脂肪酸と腸内細菌叢（大野博司）
KeyWords 酢酸，プロピオン酸，酪酸，メタボローム解析
5．上皮バリアと腸内細菌（後藤義幸）
KeyWords 腸内細菌，上皮バリア，腸管免疫システム
6．バクテリオファージと腸内細菌（藤本康介・植松 智）
KeyWords バクテリオファージ，腸内共生病原菌，ファージ療法，エンドライシン
7．マイクロバイオームによる消化管感染の制御（三木剛志・金 倫基）
KeyWords 腸内細菌，病原細菌，消化管感染，定着抵抗性（CR），マイクロバイオーム
8．代謝性疾患と腸内細菌（池田貴子・他）
KeyWords 腸内細菌代謝産物，肥満，糖尿病，腸内細菌叢
9．プロバイオティクス研究の最新動向（倉川 尚・松木隆広）
KeyWords プロバイオティクス，プレバイオティクス，次世代プロバイオティクス，生菌製剤（LBPs）
10．IgA抗体と腸内フローラ─有用菌/病因菌識別と臨床応用（古谷弦太・新藏礼子）
KeyWords 分泌型IgA抗体，有用菌，病因菌，poly-reactivity，経口抗体医薬
11．腸内細菌由来代謝物の機能（宮島伶奈・長谷耕二）
KeyWords 腸内細菌，短鎖脂肪酸（SCFA），トリプトファン代謝物（Trp），ポリアミン，胆汁酸
治療への応用
12．循環器疾患と腸内細菌叢ならびに腸内細菌関連代謝物（山下智也）
KeyWords 動脈硬化，エンテロタイプ，バクテロイデス門菌，心不全，トリメチルアミン-N-オキシド（TMAO），フェニルアセチルグルタミン（PAGln）
13．新しいステージに入った多発性硬化症の細菌叢研究（山村 隆・竹脇大貴）
KeyWords 多発性硬化症（MS），腸内細菌叢，メタゲノム解析，ロングリード解析，二次進行型MS（SPMS）
14．過敏性腸症候群と腸内細菌（福土 審）
KeyWords 過敏性腸症候群（IBS），脳腸相関，腸内細菌，介入研究
15．生活習慣病と腸内細菌─予防と治療の展望（内藤裕二・髙木智久）
KeyWords 生活習慣病，腸内細菌叢，フレイル，胆汁酸（BA）
16．炎症性腸疾患に関係する腸内細菌についての知見（上小鶴孝二・新﨑信一郎）
KeyWords 炎症性腸疾患（IBD），腸内細菌，糞便移植，プレバイオティクス，プロバイオティクス
17．実装化に向けた腸内細菌叢移植療法の現状と展開（石川 大）
KeyWords 腸内細菌叢移植療法（FMT），抗菌薬併用FMT（A-FMT），潰瘍性大腸炎（UC），Clostridioides difficile感染症（CDI），マイクロバイオーム創薬
サイドメモ
セグメント細菌（SFB）
ファージ療法
移植片対宿主病（GVHD）
定着抵抗性（CR）
消化管感染の抗菌薬使用による日和見感染や再感染・二次感染
プロバイオティクス菌末の製造
新型コロナウイルスと分泌型IgA抗体
二次進行型多発性硬化症（SPMS）
基礎研究の進展
1．口腸臓器連関から紐解く炎症性腸疾患─口腔細菌の腸管定着戦略（北本 祥・鎌田信彦）
KeyWords 臓器連関，炎症性腸疾患（IBD），歯周炎，口腔細菌，異所粘膜定着戦略
2．腸脳相関における腸内細菌の役割（寺谷俊昭）
KeyWords 腸脳相関，迷走神経，腸内細菌
3．腸肝軸を介した腸内細菌関連因子が関わる肝臓のホメオスタシスと病態（大谷直子）
KeyWords 腸肝軸，腸内細菌代謝物，組織微小環境
4．短鎖脂肪酸と腸内細菌叢（大野博司）
KeyWords 酢酸，プロピオン酸，酪酸，メタボローム解析
5．上皮バリアと腸内細菌（後藤義幸）
KeyWords 腸内細菌，上皮バリア，腸管免疫システム
6．バクテリオファージと腸内細菌（藤本康介・植松 智）
KeyWords バクテリオファージ，腸内共生病原菌，ファージ療法，エンドライシン
7．マイクロバイオームによる消化管感染の制御（三木剛志・金 倫基）
KeyWords 腸内細菌，病原細菌，消化管感染，定着抵抗性（CR），マイクロバイオーム
8．代謝性疾患と腸内細菌（池田貴子・他）
KeyWords 腸内細菌代謝産物，肥満，糖尿病，腸内細菌叢
9．プロバイオティクス研究の最新動向（倉川 尚・松木隆広）
KeyWords プロバイオティクス，プレバイオティクス，次世代プロバイオティクス，生菌製剤（LBPs）
10．IgA抗体と腸内フローラ─有用菌/病因菌識別と臨床応用（古谷弦太・新藏礼子）
KeyWords 分泌型IgA抗体，有用菌，病因菌，poly-reactivity，経口抗体医薬
11．腸内細菌由来代謝物の機能（宮島伶奈・長谷耕二）
KeyWords 腸内細菌，短鎖脂肪酸（SCFA），トリプトファン代謝物（Trp），ポリアミン，胆汁酸
治療への応用
12．循環器疾患と腸内細菌叢ならびに腸内細菌関連代謝物（山下智也）
KeyWords 動脈硬化，エンテロタイプ，バクテロイデス門菌，心不全，トリメチルアミン-N-オキシド（TMAO），フェニルアセチルグルタミン（PAGln）
13．新しいステージに入った多発性硬化症の細菌叢研究（山村 隆・竹脇大貴）
KeyWords 多発性硬化症（MS），腸内細菌叢，メタゲノム解析，ロングリード解析，二次進行型MS（SPMS）
14．過敏性腸症候群と腸内細菌（福土 審）
KeyWords 過敏性腸症候群（IBS），脳腸相関，腸内細菌，介入研究
15．生活習慣病と腸内細菌─予防と治療の展望（内藤裕二・髙木智久）
KeyWords 生活習慣病，腸内細菌叢，フレイル，胆汁酸（BA）
16．炎症性腸疾患に関係する腸内細菌についての知見（上小鶴孝二・新﨑信一郎）
KeyWords 炎症性腸疾患（IBD），腸内細菌，糞便移植，プレバイオティクス，プロバイオティクス
17．実装化に向けた腸内細菌叢移植療法の現状と展開（石川 大）
KeyWords 腸内細菌叢移植療法（FMT），抗菌薬併用FMT（A-FMT），潰瘍性大腸炎（UC），Clostridioides difficile感染症（CDI），マイクロバイオーム創薬
サイドメモ
セグメント細菌（SFB）
ファージ療法
移植片対宿主病（GVHD）
定着抵抗性（CR）
消化管感染の抗菌薬使用による日和見感染や再感染・二次感染
プロバイオティクス菌末の製造
新型コロナウイルスと分泌型IgA抗体
二次進行型多発性硬化症（SPMS）
